Shopifyの決済手数料はいくら？プラン別料率と外部決済の注意点

Shopifyでネットショップを運営する際、売上に対して実際に手元に残る金額を左右するのが「決済手数料」です。クレジットカード決済のたびに発生する料率や、外部決済サービスを併用した場合の追加コストなど、仕組みが複雑で「思ったより利益が残らない」と感じる方も少なくありません。

この記事では、Shopifyの決済手数料の全体像を整理し、プラン別・カードブランド別の最新料率一覧、外部決済利用時の実質コスト、月商規模ごとのシミュレーションまで、具体的な数値とともに解説します。さらに、国内主要カート（BASE、STORES、MakeShop）との総コスト比較も行い、自社に最適な選択肢を見極めるための判断材料を提供します。

手数料の仕組みを正しく理解することで、無駄なコストを削減し、売上成長に合わせた最適なプラン運用を実現できます。ぜひ最後までお読みいただき、自社のEC運営にお役立てください。

決済手数料と取引手数料の違い

Shopifyで発生する手数料には、クレジットカード会社へ支払う「決済手数料」と、Shopify本体へ支払う「取引手数料」の2種類があります。決済手数料はクレジットカード決済が発生するたびに料率に応じて課金され、取引手数料はShopifyペイメント以外の外部決済サービスを利用した場合にのみ発生する追加コストです。

Shopifyペイメントを利用すれば、外部決済時に発生する取引手数料が無料になるため、実質的な負担を抑えることができます。一方、PayPalやAmazon Payなどの外部決済を併用すると、サービス側の決済手数料とShopifyの取引手数料が重畳し、コストが増大する点に注意が必要です。

Shopifyペイメントを使うメリット

Shopifyペイメントは、取引手数料無料化だけでなく、主要なクレジットカードブランドに加えてApple PayやGoogle Payも一括で導入できる利便性があります。これにより、顧客が好みの決済手段を選びやすくなり、カゴ落ち（購入直前での離脱）を防止する効果が期待できます。

また、審査プロセスがシンプルで、Shopifyのダッシュボード内で一元管理できるため、複数の決済代行会社と個別契約を結ぶ手間が省けます。ただし、設定ミスや料率の見落としによる損失を防ぐため、Shopify Plusパートナーなど専門家による監修を受けることが望ましいでしょう。複雑なコスト構造を理解し、初期段階から無駄のない運用設計を行いたい場合は、tuna ECのような構築パッケージの活用も有効です。

月額費用とその他の固定コスト

Shopifyのプランは、ベーシック（月額33ドル）、スタンダード（月額92ドル）、アドバンス（月額399ドル）、Shopify Plus（月額2,000ドル〜）の4段階に分かれており、上位プランほど決済手数料率が優遇されます。月額費用に加えて、アプリの追加費用やドメイン費用など、見落としがちな固定コストも発生するため、トータルの運用コストを把握することが重要です。

売上規模が小さいうちは月額費用の低いベーシックプランが有利ですが、売上が増えると決済手数料の差額が月額費用の差を上回り、上位プランへの切り替えが利益率向上につながります。次章では、プラン別・カードブランド別の具体的な料率を一覧で比較します。

この章では、国内発行カード・海外発行カード・JCBなど、ブランド別の最新料率をプランごとに比較提示します。また、外部決済利用時に加算される取引手数料や、振込・返金時の注意点も整理し、上位プランへの変更タイミングを見極めるヒントを提供します。

国内カード・海外カード・JCBの料率比較表

Shopifyペイメントを利用した場合の決済手数料率は、国内発行カードで3.25%〜3.4%、海外発行カードやJCB、American Expressでは一律3.7%〜3.9%が適用されます。プランが上位になるほど料率は低く設定されており、ベーシックプランでは国内カード3.4%、アドバンスプランでは3.25%となります。

プラン	国内発行カード	海外発行カード / JCB / AMEX
ベーシック	3.4%	3.9%
スタンダード	3.3%	3.85%
アドバンス	3.25%	3.8%
Shopify Plus	3.25%	3.7%

売上が増加してきた段階で、決済手数料の0.1%〜0.15%の差が月額費用の差を上回るタイミングが、プラン変更の検討時期となります。次項では、外部決済を併用した場合の追加コストを整理します。

取引手数料（外部決済利用時）の料率

Shopifyペイメントを利用しない場合、外部決済サービスごとにShopify側の取引手数料が加算されます。料率はプランによって異なり、ベーシックプランでは2.0%、スタンダードプランでは1.0%、アドバンスプランでは0.5%、Shopify Plusでは0.15%となります。

プラン	取引手数料（外部決済利用時）
ベーシック	2.0%
スタンダード	1.0%
アドバンス	0.5%
Shopify Plus	0.15%

外部決済を併用する場合、ベーシックプランでは2.0%の取引手数料が上乗せされるため、実質的な負担が大きく増大します。顧客の利便性向上（カゴ落ち防止）と、追加コストのトレードオフを慎重に検討する必要があります。

その他の手数料（振込・返金・チャージバック）

Shopifyペイメントは振込手数料が無料ですが、返金時には決済手数料が返還されない点に注意が必要です。また、チャージバック（クレジットカード会社による支払い取り消し）が発生した場合、手数料とは別に事務手数料が課されるケースがあります。

これらの追加コストは、返品率が高い商材や、海外顧客向けの販売を行う場合に特に影響が大きくなります。次章では、外部決済サービスを利用した際の実質的なコスト負担を具体的に算出します。

この章では、PayPalやAmazon Payなど人気の外部決済を導入した際の実質的なコスト負担を具体的に算出します。外部決済を利用すると「サービス側の決済手数料」+「Shopifyの取引手数料」が重畳するため、顧客の利便性向上とコストのトレードオフを慎重に検討する必要があります。

主要外部決済サービスの手数料比較

外部決済サービスごとの手数料体系は異なり、Shopify側の取引手数料と合算した実質料率を把握することが重要です。以下に主要サービスの料率を示します。

1. PayPal

PayPalを利用する場合、決済手数料として取引額の一定割合と固定額が発生します。これに加えて、Shopify側の取引手数料（ベーシックプランで2.0%）が加算されるため、実質的なコスト負担が増大します。

2. Amazon Pay

Amazon Payを導入した場合も、サービス側の決済手数料に加えて、Shopifyのプランに応じた取引手数料が実質的なコスト増要因となります。顧客がAmazonアカウントで決済できる利便性と、追加コストのバランスを検討する必要があります。

3. KOMOJU

KOMOJUは、コンビニ決済や銀行振込など多様な決済手段を提供するプラットフォームです。導入時には、各決済手段ごとの手数料とShopify側の取引手数料を合算したトータルコストを把握することが重要です。

二重負担の具体例と回避方法

外部決済を併用すると、サービス側の決済手数料とShopifyの取引手数料が二重に発生します。例えば、月商100万円でPayPalを主要決済手段として利用する場合、決済手数料に加えて取引手数料が上乗せされ、Shopifyペイメントに集約した場合と比較して月間数万円単位のコスト差が生じる可能性があります。

Shopifyペイメントをメイン決済に据えることで、取引手数料を削減し、利益率を改善できます。ただし、顧客層によっては特定の外部決済サービスの利用率が高い場合もあるため、売上データを分析しながら最適な決済手段の組み合わせを検討することが重要です。

決済手数料の消費税と会計処理

決済手数料の消費税課税区分は、決済代行サービスの性質によって異なります。国税庁の指針に基づくと、国内事業者が決済代行サービスへ支払う手数料は、国内における「役務の提供」の対価とみなされるため、原則として消費税の課税対象となり、会計処理上は「課税仕入れ」として扱います。

一方で、クレジットカード加盟店が信販会社に直接支払う手数料は、金銭債権の譲渡等に係るものであり、消費税は非課税となります。これは決済代行会社を介する場合とは税務上の扱いが異なる点です。経理担当者は、決済サービスの契約形態を確認し、適切な区分で仕訳を行う必要があります。

この章では、月商100万〜1000万のケーススタディを用い、月額費用と決済手数料の合計が最も安くなるプランの乗り換え時期を明示します。プラン変更の検討時期や、不要なアプリの整理、入金サイクルの確認など、コスト削減のための実践項目も提示します。

月商100万円の場合の実質コスト比較

月商100万円以下の小規模運用時は、月額固定費の低いベーシックプランが最も高い利益率を維持できます。決済手数料率は3.4%とやや高めですが、月額33ドルの固定費が抑えられるため、トータルコストでは上位プランよりも有利になります。

例えば、月商100万円でクレジットカード決済が100%の場合、ベーシックプランの決済手数料は約34,000円、月額費用が約4,500円（1ドル=135円換算）で、合計約38,500円となります。スタンダードプランでは決済手数料が約33,000円に下がりますが、月額費用が約12,420円となり、合計約45,420円とベーシックプランより高くなります。

月商500万円・1000万円の場合の実質コスト比較

売上が拡大するにつれて、決済手数料の0.1%の差が月額費用の差を上回り、上位プランが有利になります。月商700万円を超えると、アドバンスプランの低い決済料率（3.25%）による削減額が月額費用の増加分を上回り、トータルコストで最も経済的になります。

月商1000万円の場合、ベーシックプランでは決済手数料が約340,000円、スタンダードプランでは約330,000円、アドバンスプランでは約325,000円となります。アドバンスプランの月額費用は約53,865円（1ドル=135円換算）と高額ですが、決済手数料の削減額が月額費用の差を上回るため、トータルでは最も利益率が高くなります。

手数料を抑えるための判断基準とチェックリスト

コスト最適化のためには、以下のポイントを定期的にチェックすることが重要です。

1. プラン変更の検討時期

月商が300〜500万円を超えたタイミングで、現在のプランと上位プランのトータルコストを比較し、損益分岐点を確認します。売上が安定的に成長している場合は、早めに上位プランへ切り替えることで、長期的なコスト削減が可能になります。

2. 不要なアプリの整理

Shopifyアプリの月額費用は積み重なると大きなコストになります。利用頻度の低いアプリや、同等機能を持つ無料アプリで代替可能なものは定期的に見直し、解約することでランニングコストを削減できます。もしアプリ選定やコスト管理に不安がある場合は、tuna ECのように検証済みアプリをパッケージ化し、不要な追加費用を抑えた運用設計を提供するサービスの利用も検討してみてください。

3. 入金サイクルの確認

Shopifyペイメントの入金サイクルは、アカウント開設後の期間や売上実績によって変動します。キャッシュフローに影響するため、管理画面で入金スケジュールを定期的に確認し、必要に応じてShopifyサポートへ問い合わせることが推奨されます。

この章では、国内主要カートとShopifyを「固定費＋変動費」の視点で比較し、売上規模ごとに最適な選択肢を検証します。月商100万、500万、1000万の各フェーズで、どのカートが最も経済的かを一覧表で比較し、機能面とコストのトレードオフも含めて解説します。

Shopifyと国内カートの固定費・変動費の内訳

BASEやSTORESは初期費用が安く、月額費用も無料プランから始められる一方、決済手数料率が高く設定されています。売上が増えるほど決済手数料の負担が大きくなるため、月商が一定規模を超えるとShopifyの方がトータルコストで有利になります。

カート	月額費用	決済手数料（国内カード）	取引手数料
BASE（スタンダード）	無料	3.6% + 40円 + サービス利用料3%	なし
STORES（フリー）	無料	5%	なし
MakeShop（プレミアム）	12,100円	3.14%〜	なし
Shopify（ベーシック）	約4,500円	3.4%	外部決済時2.0%

国内カートは初期費用を抑えたい小規模事業者に適していますが、売上が伸びるにつれて決済手数料の負担が重くなります。次項では、月商規模ごとの総コストを具体的に比較します。

月商別の総コスト比較表

月商100万円以下では、月額費用が無料のBASEやSTORESが最も低コストです。しかし、月商500万円を超えると、決済手数料の差が月額費用の差を上回り、Shopifyの優位性が高まります。

カート	月商100万円	月商500万円	月商1000万円
BASE（スタンダード）	約66,000円	約330,000円	約660,000円
STORES（フリー）	約50,000円	約250,000円	約500,000円
MakeShop（プレミアム）	約43,500円	約169,100円	約326,100円
Shopify（ベーシック）	約38,500円	約174,500円	約344,500円

高成長を目指すECサイトでは、将来的な料率優遇があるShopifyがトータルコストで有利になります。次項では、単なる手数料の安さだけでなく、機能面とコストのトレードオフを含めた選択基準を解説します。

機能面とコストのトレードオフ

Shopifyは、越境EC対応や多言語・多通貨機能、豊富なアプリによる拡張性など、国内カートにはない機能を標準装備しています。これらの機能は、グローバル展開や高度なマーケティング施策を実施する際に大きなアドバンテージとなります。

一方、国内カートは日本語サポートが充実しており、初心者でも扱いやすいUIが特徴です。売上規模が小さく、国内向け販売のみで十分な場合は、国内カートの方が導入ハードルが低く、コストパフォーマンスも高くなります。

自社のビジネスモデルや成長戦略に応じて、手数料の安さだけでなく、必要な機能や将来的な拡張性を含めた総合的な判断が求められます。「Shopifyの機能は魅力的だが、初期費用や構築コストが心配」という場合は、tuna ECのように国内カート並みの初期費用（99万円〜）でShopifyの拡張性を享受できるパッケージも選択肢の一つです。次章では、本記事の要点をまとめます。

Shopifyの決済手数料は、プラン別・カードブランド別に異なり、外部決済を併用すると取引手数料が加算されます。Shopifyペイメントを軸に据えることで、取引手数料を無料化し、実質的なコスト負担を抑えることができます。

月商が300〜500万円を超えたタイミングで、上位プランへの切り替えを検討することで、決済手数料の削減額が月額費用の増加分を上回り、利益率が向上します。国内主要カート（BASE、STORES、MakeShop）との比較では、月商500万円以上でShopifyの優位性が高まりますが、機能面や将来的な拡張性も含めた総合的な判断が重要です。

手数料の仕組みを正しく理解し、自社の売上規模に合わせた最適なプラン選択と決済方法の組み合わせを実現することで、無駄なコストを削減し、売上成長を加速させることができます。手数料の把握ができたら、次は無駄のない構築・運用へ向けて、tuna ECの無料相談などを活用し、具体的なステップを進めてみてはいかがでしょうか。